ساخت بیولوژیکی نانوذرات با به کار بردن عوامل زیستی همچون باکتری ها، قارچ ها، اکتینومیست ها، مخمرها، جلبک ها، ویروس ها و گیاهان انجام می شود. میزان احیای یون های فلزی در روش های زیستی سریعتر است و نیز در دمای اتاق و در شرایط محیطی نیز انجام شدنی است و نیازی به شرایط سخت و پیچیده ندارد. در این میان گیاهان به دلیل نداشتن مواد شیمیایی سمی و داشتن عوامل پوشش دهنده طبیعی انتخاب خوبی برای ساخت نانوذرات هستند. ساخت نانوذرات با استفاده از عصاره گیاهی در مقایسه با ساخت میکروبی مزیت هایی دارد، از آن جمله تولید در مقیاس بالا با استفاده از مقادیر کم عصاره و عدم نیاز به ساختن محیط کشت همچون روش میکروبی می باشد. در ادامه به برخی نانوذرات ساخته شده توسط گیاهان اشاره می شود.
نانوذرات نقره
نانوذرات نقره نقش مهمی را در زمینه سیستم های زیستی، دارویی یا پزشکی و ارگان های زنده و همچنین تولیداتی که مستقیما با بدن انسان در تماس هستند همچون شامپو، صابون، خمیردندان و غیره ایفا می کنند. نقره از دیرباز به عنوان بازدارنده ای موثر علیه باکتری ها و میکروارگانیسم های رایج در پزشکی و پروسه های صنعتی شناخته شده است. کاربرد وسیع و شناخته شده نقره و نانوذرات نقره در پمادهای موضعی و کرم های جلوگیری کننده از عفونت های زخم  سوختگی است. نانوذرات نقره می توانند در مهار رادیکال آزاد بر پایه اکسیژن موثر باشند و در این صورت همچون آنتی اکسیدان هاعمل می کنند و این نقش مهم می تواند دریچه ای تازه به روی پیشرفت در پزشکی باز کند.
نانوذرات طلا
استفاده از نانوذرات طلا قدمت تاریخی دارد که به زمان رم باستان بر می گردد یعنی وقتی که از آنها برای شیشه های رنگی و تزئینات استفاده می شد. همچنین در قرن های پیشین از نانوذرات طلا برای درمان بیماری ها استفاده می گردید. عصر جدید در ساخت نانوذرات طلا از ۱۵۰ سال پیش آغاز شد. تحقیقات وسیعی بر روی قابلیت کاربرد نانوذرات طلا در تصویربرداری و درمان غیرتهاجمی سرطان در حال انجام است. با تغییر شکل نانوکره های طلا به نانو لوله های سیلندری شکل می توان تومورهای بدخیمی که در بخش های عمیق تر پوست قرار دارند، بدون تخریب سلول های سالم، سلول های بدخیم را از بین برد.