تولید سوختهای زیستی قابل مصرف در صنعت یک گام بسیار مهم به منظور پیداکردن راه حل برای چالش های جهانی روزافزون زیست محیطی و انرژی در سالهای گذشته بوده است. همچنین زمان محدودی برای استفاده از سوخت های فسیلی به دلیل منابع رو به اتمام آنها وجود دارد. برای غلبه بر این مشکلات و کاهش وابستگی به سوختهای فسیلی، نیاز به تولید سوختها و مواد شیمیایی صنعتی از منابع زیستی تجدیدپذیر بسیار احساس می شود. سوخت زیستی نوعی سوخت جامد، مایع و یا گاز است که از دامنه وسیعی از منابع زیست توده شامل انواع محصولات زراعی، بقایاى کشاورزی و جنگلی، گیاهان آبزی، فضولات حیوانى پسماندهاى شهرى و صنعتى، چربیها و روغنهاى گیاهى، حیوانى و ضایعاتى به دست می آید. سوخت زیستی می تواند جامد (مانند چوب سوختی، زغال چوبی و خاک اره) ، مایع (مانند اتانل زیستى بوتانل زیستى، دیزل زیستى) یا گاز (مانند گاز زیستى  و هیدروژن زیستی) باشد.سوخت های زیستی متنوعی در دهه های گذشته از محصولات کشاورزی تولید شده اند، هر چند تحقیقات برای یافتن سوخت های مناسب تر و با بهره وری بالاتر ادامه دارد. با استفاده از روشهای کنونی،گستره زیادی از زمینهای کشاورزی و حجم بالایی از آب تازه مورد نیاز است تا زیست توده (بیومس) اولیه برای تولید سوختهای زیستی جایگزین فراهم شود. این امر با نیاز روزافزون جامعه انسانی برای تولید مواد غذایی تداخل پیدا کرده است.  تبدیل انرژی از نور به سوخت مایع توسط فتوسنتز، به ویژه توسط میکروارگانیزمهای فتوسنتزکننده مانند سیانوباکترها می تواند منافع فراوانی در جهت حفظ زمین های کشاورزی و آب مصرفی همراه با بهره وری بالا داشته باشد. سیانوباکترها میکروارگانیزمهای بسیار پراکنده ای هستند که قادرند در خلال فتوسنتز دی اکسیدکربن هوا را گرفته و اکسیژن آزاد کنند، همچنین در بسیاری از چرخه های ژئوشیمیایی نقش دارند. در این راستا از سیانوباکترها به منظور تولید انواع سوخت های زیستی مانند هیدروژن، اتانول و ایزوبوتانل استفاده شده، اگرچه بهره وری این فرآیندها پایین بوده است.

 .