تولید سوخت زیستی از منابع تجدیدپذیر به‌عنوان جایگزینی پایدار برای منابع فسیلی مورد توجه گسترده قرار گرفته است. سوخت زیستی نوعی سوخت جامد، مایع و یا گاز است که از دامنه وسیعی از منابع زیست توده شامل انواع محصولات زراعی، بقایاى کشاورزی و جنگلی، گیاهان آبزی، فضولات حیوانى پسماندهاى شهرى و صنعتى، چربیها و روغنهاى گیاهى، حیوانى و ضایعاتى به دست می آید. سوخت زیستی می تواند جامد (مانند چوب سوختی، زغال چوبی و خاک اره) ، مایع (مانند اتانل زیستى بوتانل زیستى، دیزل زیستى) یا گاز (مانند گاز زیستى  و هیدروژن زیستی) باشد. هر چند تنوع گسترده ای از سوخت های زیستی وجود دارد، اما پرکاربردترین آنها اتانل زیستی، دیزل زیستی و گاز زیستی هستند. به طورکلى سوخت های زیستی به دو دسته سوخت های زیستی اولیه و ثانویه تقسیم می شوند. سوخت های ثانویه نیز براساس مواد خام و فناوری به کار رفته در تولید آنها به سه دسته سوخت های زیستی نسل اول، دوم و سوم تقسیم می شوند. نسل اول از مواد غذایى (مانند گندم، جو، ذرت، برنج، سیب زمینى، کلزا، سویا، بادام، آفتابگردان، نخل، نارگیل، چغند رقند، نیشکر و غیره) ، نسل دوم از زیست توده غیرخوراکی (مواد لیگنوسلولزی) شامل ضایعات کشاورزی و جنگلی، فاضلابها، پسماندهاى شهرى و صنعتى و درختانى که به طور خاص برای تولید انرژی کشت می شوند (مانند صنوبر و تبریزی) و نسل سوم از جلبک و ریزجلبک به عنوان خوراک براى تولید سوخت زیستی استفاده می کنند. سوخت های زیستی نسل اول علی رغم تجربه تولید تجارى و استفاده در برخى کشورها با محدودیتهایى مانند تقابل با منابع غذایی، به کارگیری فقط بخش کوچکی از زیست توده گیاهی، کاهش بازده کاربری زمین زراعی و هزینه زیاد تولید به دلیل قیمت بالاى خوراک روبرو هستند. سوخت هاى زیستى نسل دوم نیازمند تجهیزات تولیدی و فرآوری پیچیده تر، سرمایه گذاری بیشتر به ازای واحد تولیدی، تاسیسات بزرگتر و مواد خام پایدارتر هستند و فناورى تجارى آنها هنوز به دست نیامده است. ریزجلبک به‌عنوان خوراک نسل سوم سوخت‌های زیستی می‌تواند انواع لیپید، پروتئین و کربوهیدرات را در مقادیر زیاد و در زمانی نسبتاً کوتاه تولید نماید. سازگاری این میکروارگانیزم با هر نوع شرایط کشت و عدم وابستگی تولید آن به فصول سال، سرعت رشد بالا، جذب دی‌اکسیدکربن و بهبود کیفیت هوا، تجدیدپذیری، عدم تقابل با منابع غذایی، وجود مقادیر بسیار زیاد لیپید و کربوهیدرات در ساختمان سلولی آن و قابلیت تولید انواع سوخت‌های زیستی باعث شده به‌عنوان یکی از مناسب‌ترین گزینه‌ها برای تولید سوخت‌های زیستی شناخته شود. تولید سوخت زیستی از ریزجلبک شامل چندین مرحله انتخاب ریزجلبک مناسب، کشت، برداشت، خشک‌ کردن، شکستن دیواره سلولی، استخراج (لیپید یا کربوهیدرات) و تولید سوخت زیستی است.