در این داستان نویسنده، گاه به روش مستقیم و گاه به صورت غیر مستقیم (از دیدگاه شازده کوچولو) به نقد اوضاع و شرایط حاکم می پردازد. در ابتدای داستان راوی جهالتهایی را که انسان معاصر در آن دست و پا می زند، آشکار می سازد. وی کسانی را که از معصومیت و پاکی اولیه خویش فاصله گرفته اند و در عوض، خودخواهیها، دلبستگی به مادیات و تعصب ها را جانشین آن ساخته اند، تحت نام «آدم بزرگها» آورده و از آنها بدین گونه انتقاد می کند: آدم بزرگها ارقام را دوست دارند. وقتی با ایشان از دوست تازه ای صحبت می کنید، هیچ وقت از شما راجع به آن چه اصل است، نمی پرسند. هیچ وقت به شما نمی گویند که مثلا آهنگ صدای او چطور است؟ چه بازی هایی را بیشتر دوست دارد؟ آیا پروانه جمع می کند؟ بلکه از شما می پرسند: «چندسال دارد؟ چند برادر دارد؟ وزنش چقدر است؟ پدرش چقدر درآمد دارد؟» و تنها در آن وقت است که خیال می کنند او را می شناسند. اگر شما به آدم بزرگها بگویید: من خانه زیبایی دیدم پشت بامش کبوتران ... نمی توانند آن خانه را در نظر مجسم کنند. باید به ایشان گفت: «یک خانه صد هزار فرانکی دیدم!» آن وقت به بانگ بلند خواهند گفت: به به! چه خانه قشنگی. نویسنده در این داستان از سویی، می گوید که انسان معاصر (آدم بزرگها) به جای پرداختن به چیزهای اصیل و حیاتی، خود را با چیزهایی سطحی، همچون: بازی بریج، گلف، سیاست، کراوات، اعداد و ارقام مشغول می کند و از سویی دیگر، با طنزی تلخ چنین اظهار می دارد: «آدم بزرگها همین طورند. نباید از ایشان رنجید. بچه ها باید نسبت به آدم بزرگها خیلی گذشت داشته باشند. ولی البته ما که معنی زندگی را درک می کنیم به اعداد میخندیم». با توجه به همین اندیشه است، که وی در جایی از داستان، از زبان «شازده کوچولو» می گوید: «فقط بچه ها میدانند که به دنبال چه می گردند». شازده کوچولو در سرراهش از سیاره های ۳۲۵، ۳۲۶، ۳۲۷، ۳۲۸، ۳۲۹ و ۳۳۰ ، عبور می کند. گفتگوهای جالبی بین او و ساکنان این سیاره ها رخ میدهد که چه مستقیم و چه غیر مستقیم، باز می توان انتقاداتی که شازده کوچولو به آنها می کند، مشاهده نمود. برای نمونه، می توان به موارد زیر اشاره نمود.
۱- در سیاره ۳۲۵، پادشاهی با جامهای ارغوانی بر تختی نشسته بود. پادشاه وقتی شازده کوچولو را دید بانگ زد: آهان .... این هم رعیت. شازده کوچولو گفت: از کجا مرا میشناسد؟ او که هیچ وقت مرا ندیده است. اما«نمی دانست که مفهوم دنیا برای پادشاه خیلی ساده است: همه مردم رعیت هستند». ۲- در سیاره دوم، فردی خود پسند از شازده کوچولو می خواهد که از او تعریف کند. «شازده کوچولو پرسید: تعریف یعنی چه؟ خود پسند گفت: تعریف یعنی تو بپذیری که من زیباترین، خوش پوش ترین، پولدارترین و باهوش ترین ساکن این سیاره هستم. اشازده کوچولو: ولی تو که در این سیاره تنها هستی! إخودپسند: به هرحال تو دل مرا خوش کن و از من تعریف کن!». ۳ - در سیاره سوم، می خوارهای زندگی می کرد. سخنانی که بین شازده کوچولو و می خواره رخ می دهد، بسی جای تفکر و تعمق دارد. شازده کوچولو با طرح سؤالاتی، استدلالهای وی را در معرض نقادی و ارزیابی قرار میدهد و به خواننده نشان میدهد که می خواره در حال طی کردن یک سیکل ناقص است. ۴- سیاره چهارم به مرد کارفرمایی تعلق داشت. این مرد آن قدر مشغول حساب و کتاب بود که حتی متوجه ورود شازده کوچولو نیز نشد. وی که با شمردن ستاره ها به این توهم رسیده بود که آنها را از آن خود می نماید، در برابر این پرسش شازده کوچولو که با این ستاره ها چه می کنی؟ می گوید: من از آنها مواظبت می کنم، میشمارم و باز میشمارمشان. درست است که این کار بس دشوار است، اما من مرد بسیار جدی و فعال هستم. من تعداد ستاره های خود را روی یک برگ کاغذ می نویسم و بعد آن برگ را در بانک می گذارم. اما قهرمان قصه، با این سخن، کار او را زیر سؤال می برد: «من اگر شال گردنی داشته باشم، می توانم آن را دور گردن خود ببیچم و با خود ببرم. اگر گلی داشته باشم، می توانم گلم را بچینم و با خود ببرم. ولی تو که نمی توانی ستاره ها را بچینی؟». چنین نقادی هایی را می توان هنگامی که شازده کوچولو به سیاره زمین می رسد، نیز یافت؛ برای نمونه، هنگام برخورد وی با فروشنده قرص های ضدعطش. فروشنده به شازده کوچولو می گوید، کارشناسان حساب کرده اند که با خوردن یکی از این قرصها، فرد به مدت یک هفته، تشنه اش نمی شود و بدین سان پنجاه و سه دقیقه وقت در هفته صرفه جویی میشود. شازده کوچولو می پرسد: آدمها این پنجاه وسه دقیقه را صرف چه می کنند؟ فروشنده جواب میدهد: صرف هر کاری که میل دارند. در این هنگام، شازده کوچولو سخنی به زبان می آورد که باز، دلبستگی انسان معاصر به آمارو ارقام و به همین علت محروم ساختن خود از لذت ها و شادی ها را به نقد می کشاند: «من اگر پنجاه وسه دقیقه وقت زیادی میداشتم، خرامان خرامان به سوی چشمه میرفتم». از منظر شیخ الاسلامی تأکید بیش از حد انسان معاصر برنظریات نیوتن و این که روش درست و مرجع برای هر نوع برخورد با جهان روش ریاضی به حساب می آید، اگزوپری را بر آن داشت که در این کتاب( شازده کوچولو) از چنین رویکردی انتقاد نماید و «بهترین نمونه در اثبات این موضوع، برخورد شازده کوچولو با فروشنده حباب قرص ضد تشنگی است». در جای دیگر، پس از این که شازده کوچولو با روباهی آشنا می شود و راز عشق را از زبانش می شنود، پیش گل های سرخ برمی گردد و به آنها می گوید: «شما زیبایید ولی درونتان خالی است. به خاطر شما نمی توان مرد». در واقع شازده کوچولو بر آن است تا نادرستی این اندیشه را که زیبایی عشق می آورد، روشن سازد و در عوض نشان دهد این عشق است که زیبایی می آورد.
علاوه بر آن چه گفته شد، از زبان شخصیت های دیگر داستان نیز، سخنانی به میان می آید، که باز خود نشانه بارز تفکر انتقادی است. برای مثال می توان به نمونه های زیر اشاره کرد:
۱- از زبان گلی که سه گلبرگ بیشتر نداشت: «باد ایشان (آدمها) را با خود می برد. آدمها ریشه ندارند و از این جهت بسیار ناراحتند» ۲ - از زبان روباه، الف: «آدمها دیگر وقت شناختن هیچ چیز را ندارند. آنها چیزهای ساخته و پرداخته از دکان می خرند». ب: تنها با چشم دل است که می توان دید، چشم سر چیزهای دیدنی را نمی بیند. که در واقع انتقادی است به کسانی که تنها به ظواهر توجه دارند و آن را حقیقی می پندارند. یعنی درست همان موضوعی که پژوهشگر را بر آن داشت تا با دیدگاههای کلیسا به مبارزه برخیزد. زیرا وی معتقد بود که «دستگاه کلیسا از اصل و سرچشمه که همانا رو کردن به ایمان و پرستش با حرارت است، روبرگردانده، تنها به ظواهر پرداخته است».
۳- از زبان سوزنبان: «آدم هیچ وقت از جایی که هست راضی نیست [...] اینها (آدمها) هیچ چیز را تعقیب نمی کنند. اینها در قطار یا می خوابند یا خمیازه می کشند».