عناصر اصلی برنامه فلسفه برای کودکان شامل موارد زیر است:

۱- توجه به اهمیت پرسش: در متون دین اسلام اهمیت پرسش همواره مورد تاکید بوده است. پیامبر اسلام (ص ) درباره اهمیت پرسش می فرمایند: دانش گنجینه هایی است و کلیدهای آن پرسش است. پرسش ذهن را با خود درگیر می کند و کودکان را به تفکر تشویق می کند.  پرسش خوب تفکر را به چالش می کشد و تلاشی است برای فهمیدن.
۲- حلقه کندوکاو: در این حلقه دانش آموزان با دقت به سخنان یکدیگر گوش می دهند و آنها را نقدر می کنند و به آرای یکدیگر چیزی اضافه می کنند، به همدیگر کمک می کنند تا نتایج را استخراج کنند، حلقه کندوکاو کار را تا جایی ادامه می دهد که به نتیجه برسد. در حلقه کندوکاو کودکان به صورت دایره وار کنار هم می نشینند و مربی نیز در کنار آنها قرار می گیرد. این شکل نشستن کمک می کند که دانش آموزان چشم در چشم به راحتی با یکدیگر صحبت و تبادل نظر کنند.
۳- داستان: برای اینکه تربیت فلسفی در هدف خود موفق باشد، لازم است پیش از اینکه عمل فلسفیدن اتفاق بیفتد، کودک در بستری ملموس و قابل درک قرار بگیرد و ارتباط وجودی با عناصر و رویدادهای آن برقرار کند. در برنامه فلسفه برای کودکان یکی از ابزارهی مهمی که استفاده می شود، داستانهای فلسفی است. با گفتن داستان است که در می یابیم چه اتفاقی برای چه کسی و چرا افتاده است. در واقع داستان کمک می کند که بچه ها احساس همدلی و هم ذات پنداری با قهرمان داستان داشته باشند و سئوالها و دغدغه های اصلی خود را بپرسند.
۴-معلم: در برنامه فلسفه برای کودکان، معلمان باید از نظر تربیتی قوی باشند و به عنوان کسانی که صرفاً آموزش را تسهیل می کنند، عمل نمایند. یک معلم خوب فلسفه برای کودکان باید عقلانی و صادق باشد، جدی باشد، منتقد باشد، مطلع باشد و گمان نکند که همه چیز را می داند. باید توانایی راهنمایی کردنیک بحث فلسفی را داشته باشد و معلم باید به استدلال و منطق احترام بگذارد، گزینه ها را مشخص و بررسی کند و بحث را مدیریت و هدایت کند.