کلمه آکواپونیک حاصل ترکیب دو کلمه آکواکالچر (پرورش ماهی) و هیدروپونیک می باشد. بنابراین آکواپونیک ترکیبی از پرورش ماهی و پرورش گیاهان در سیستم های گردشی است که پرورش ماهی و کشت گیاه از جمله سبزیجات به صورت توام انجام می شود. در واقع آکواپونیک به عنوان سیستم تلفیقی هیدروپونیک و پرورش ماهی شناخته می شود. از اهداف اصلی آکواپونیک این است که مواد اضافی یک سیستم به عنوان غذا یا سوخت برای سیستم دیگر عمل کند. تصفیه زیستی آب، عناصر را از آن حذف می کند، این موضوع هم از لحاظ زیست محیطی و هم از لحاظ صرفه اقتصادی حائز اهمیت است. همچنین فروش محصولات گلخانه ای درآمدزا نیز جزء اهداف اصلی استفاده از این نوع کشت محسوب می شود که کمک زیادی به اقتصاد محلی خواهد بود. در آکواپونیک عناصر غذایی موجود در آب محل پرورش ماهی به عنوان کود در هیدروپونیک و در بستر گیاهان مصرف می شود. این عمل برای ماهی نیز سود دارد زیرا در اثر تجزیه بقایای گیاهان و میکروارگانیسم هایی که در بستر استخر تجمع یافته اند ممکن است مواد سمی تولید شود در حالی که اگر این پساب برای گیاهان مصرف شود می تواند به عنوان کود مورد استفاده قرار گیرد، به عبارت دیگر بستر کشت مثل یک بیوفیلتر عمل می کند. در این میان باکتری های موجود در بستر کشت نقش مهمی را در چرخه عناصر دارند که بدون وجود آنها سیستم خوب عمل نمی کند. در این سیستم مواد دفعی ماهی که عمدتا ترکیبات نیتروژن دار از قبیل آمونیاک، و ترکیبات غیرنیتروژنی مثل فسفر می باشند، به وسیله گیاه جذب شده و از آب حذف می شوند. تولید ماهی و گیاه در یک رابطه همزیستی انجام می شود که پساب ماهی به عنوان کود برای گیاه مورد استفاده قرار گرفته و آب تصفیه شده توسط گیاه هم به استخر پرورش ماهی ها انتقال می یابد.