مراقبت اپیدمیولوژیک بیماری از ساختارهای اساسی و کلیدی است که یک نظام مراقبت بیماری باید داشته باشد و مورد تاکید مرکز مدیریت بیماریهای در آتلانتای آمریکا است. در نظام مراقبت فعلی لازم است برای کنترل طغیان بیماری و بازگشتن به شرایط عادی توجه بیشتری به مراقبت اپیدمیولوژیک گردد.نقش اپیدمیولوژیک سیستم مراقبت عبارتست از ارائه اطلاعات توصیفی در مورد اینکه چه کسی، کی و کجا دچار یک رخداد سلامتی می شود. هدف اولیه و مهم سیستم مراقب، پایش وقوع بیماری ها در یک جمعیت مشخص می باشد. اجزایی مانند اصول مدیریت طغیان متناسب با سطح محلی(local) منحنی اپیدمی، نوع و روند زمانی آن، عفونت زایی و میزان حمله ثانویه بیماری، میزان مولد پایه عفونت، ردیابی بی تماس ها، بیماریابی سریع و غربالگری، اصول پیشگیری و کنترل مبتنی برشواهد، شاخص های ارزیابی کننده توانایی نظام مراقبت از قبیل حساسیت، ویژگی، ارزش اخباری مثبت و منفی و سودمندی نظام مراقبت با جزئیات و به تفکیک وظایف پرسنل درگیر در برنامه قید گردد.

پیاده سازی یک نظام مراقبت اپیدمیولوژیک سایر جنبه های مراقبت و پیشگیری از بیماری مانند فرآیند گزارش دهی و گزارش گیری، انتقال دانش، گزارش در یک قالب مناسب برای تصمیم گیران و مدیران سلامت را نیز پوشش می دهد. اینکه گزارش ها اولا به روش مناسب تهیه شوند و در زمان مناسب به دست تصمیم گیران و مدیران سلامت برسد. چقدر این اطلاعات قابل استفاده، مفید و موثر در تصمیم گیری های صحیح و مبتنی بر شواهد را فراهم می سازد. همه این معیارها و آیتم ها نیازمند یک تیم قوی و ارایه شواهد اپیدمیولوژیک و پژوهش های کاربردی در سیستم سلامت مدیون است. از طرفی وجود ساختار پویا و قابل انعطافی از نظام مراقبت اپیدمیولوژیک زمینه را برای پژوهش های کاربردی فراهم می سازد.