اثر تراتوژنیک به تاثیر موادی گفته می شود که قادر به عبور از جفت بوده و ممکن است به رشد و تکوین جنین یا رویان آسیب جدی وارد کرده و منجر به ناهنجاری در جنین یا نوزاد شوند.
پرتوها: دوزهای بسیار بالای پرتوهایی با انرژی بالا می تواند منجر به رشد یا بروز پریناتال، آسیب به سیستم عصبی مرکزی از جمله میکروسفالی و نقایص بینایی شود. حتی طی ماه اول بارداری سطوح درمانی پرتوها به محل رویان در حال تکوین، دارای ریسک قابل توجهی از آنومالی های خاص برای جنین می باشد.
انرژی هسته ای: آنالیز اطلاعات هیروشیما و ناکازاکی نشان داد  که عقب ماندگی ذهنی بین ۱۶۰۰ کودک که طی دوران درون رحمی در معرض بمباران اتمی بودند، اتفاق افتاده است. همچنین حادثه چرنوبیل در روسیه در اواخر ۱۹۹۴ باعث افزایش سرطان تیروید در کودکان شد. تحقیقات نشان داده است که مادرانی که در ۱۰ کیلومتری مراکز انرژی هسته ای زندگی می کنند بچه هایی با آنومالی مادرزادی داشته اند.
آلودگی محیط: محیط آلوده می تواند تراتوژنهای زیادی را در خود داشته باشد. جیوه و مشتقات آن مانند کلرید جیوه، کادمیوم، سرب، حشره کش ها و برخی از ترکیبات مس نمونه های از آلودگی های محیط هستند.

عوامل عفونی: عوامل عفونی باعث مهار میتوز شده و اثرات مستقیم سیتوتوکسیک یا مخرب عروقی بر جنین دارد. گرچه، یک فرآیند اصلاحی ممکن است باعث آسیب یا کلسیفیکاسیون شود که موجب آسیبهای بیشتری به وسیله تداخل بافتی می شود و مطالعات نشان داده است عفونت هایی که باعث ناهنجاری های مادرزادی نمی شوند اما باعث مرگ جنینی یا نوزادان تازه متولد شده می شوند شامل هپاتیت، آبله، واکسن و ویورس اوریون می باشند.
گاز خردل: خردل گوگردی یکی از عناصر خطرناکی است که بارها در جنگ ها علیه مردم نظامی و غیرنظامی مورد استفاده قرار گرفته است. این ماده آثار مخرب بیولوژیک بسیار قوی بر موجودات زنده دارد. جهش زایی، سرطان زایی و تراتوژن بودن این ماده همواره مورد بحث بوده است
داروهای تراتوژنیک: بزرگترین دسته از عوامل ناهنجاری زا شامل داروها و مواد شیمیایی هستند. به طورکلی داروها بر اساس میزان احتمال بروز در ۵ دسته طبقه بندی می شوند. به غیر از داروهای شیمی درمانی (داروهای ضد سرطان)، صرفا همه داروهای جز مواد تراتوژن قرار نمی گیرند. به عنوان مثال، تتراسایکلین یک گروه شناخته شده از آنتی بیوتیک ها و جز مواد تراتوژن است اما این به آن معنا نیست که باید در دوران بارداری از مصرف همه آنتی بیوتیک اجتناب شود.