ذرات نانو و فناوری نانو علاوه بر مفید بودن می توانند دارای خطرات احتمالی نیز باشند، بنابراین باید مسایل مرتبط باایمنی و خطرات احتمالی همراه با این روش های جدید را در نظر گرفت. ذرات نانو ممکن است سرعت جهش باکتری ها را افزایش دهند و تهدیدی بالقوه برای محیط زیست و سلامت انسان باشند. علی رغم این که فناوری نانو محصولات موجود را موثرتر و کارآمدتر می نماید، اندازه این ذرات که جزء خواص مهم آنهاست، می تواند سلامتی و محیط زیست را تهدید نماید. این ذرات از گرده های گل گیاهان و مواد حساسیت زای معمولی نیز کوچکتر هستند و می توانند تولید حساسیت نمایند. این ذرات می توانند به سیستم دفاعی و ایمنی بدن موجودات زنده و انسان حمله کنند. بعضی از این ذرات قادرند پس از تنفس به کیسه های هوایی ریه ها آسیب برسانند که در این بین ماکروفاژها سعی می کنند تا آنها را از بین ببرند و مانع از عبور این ذرات و ورودشان به خون شوند ولیکن ماکروفاژها در تشخیص ذرات با قطر کمتر از ۷۰ نانومتر دچار مشکل می شوند و این ذرات می توانند به آسانی در خون نفوذ نمایند. گزارش شده است که نانوذرات مانند کربن سیاه و دی اکسیدتیتانیوم که در فرآیندهای صنعتی کاربرد زیادی دارند و به آلودگی ها نیز کمک می کنند، موجب ایجاد التهاب و جراحت های پوستی شده و در ریه باقی مانده و انباشته می گردند. ذرات اکسیدروی و دی اکسید تیتانیوم باعث تولید رادیکال های آزاد در سلول پوستی شده و به DNA آسیب می رسانند و این آسیب به DNA موجب جهش می شود و تغییراتی در ساختمان پروتئین به وجود می آورد که ممکن است باعث سرطان و تومور گردد. نانوذرات طبیعی احتراق احتمالا مهمترین منبع تولید ذرات نانوی طبیعی در محیط زیست می باشند. انتشار نانو ذرات مهندسی شده در محیط زیست خطرناکتر از ذرات طبیعی است، زیرا آنها مواد جدیدی هستند و انسان ها و موجودات زنده دیگر ممکن است دارای مکانیزم های دفاعی کافی در مقابل شان نباشند. بررسی ها نشان می دهد به طور کلی ذرات نانوکربنی و دی اکسیدتیتانیوم سمی تر از ذرات بزرگ همان مواد هستند.