آلرژی و یا حساسیت به شیر از مشکلاتی است که با مصرف شیر عارض می شود اغلب در کودکان زیر سه سال به چشم می خورد. عدم تحمل لاکتوز نیز از مشکلاتی است که به دنبال مصرف شیر در برخی افراد بروز می کند و ناشی از فقدان آنزیم لاکتاز است. واکنش های حساسیت زا واکنش های مضر و شدیدی هستند که سیستم ایمنی بدن در مقابل یک ماده حساسیت زای بخصوص نشان می دهد. آلرژی به شیر در بین کودکان شایع است و علت اصلی آن حساسیت به پروتئین شیر گاو است، به همین دلیل مصرف شیر گاو تا یکسالگی توصیه نمی شود. تغذیه با شیر مادر از عوامل جلوگیری کننده در برابر بروز این آلرژی است و کودکانی که از شیر مادر تغذیه می کنند کمتر به این بیماری مبتلا می شوند. واکنش های آلرژیک معمولا چند دقیقه تا چند ساعت پس از مصرف شیر بروز می کند. این علائم می تواند در محدوده خفیف تا شدید بروز کند. علائم آلرژی به شیر که به سرعت پس از مصرف شیر بروز می کند شامل خس خس کردن سینه، استفراغ، کهیر و مشکلات گوارشی است. در موارد نادر آلرژی بیشتر منجر به بروز آنافیلاکس می شود. علائم دیگری که پس از گذشت زمان بروز می کنند شامل: مدفوع نرم که گاه همراه با خون است، اسهال، دردهای شکمی، سرفه یا خس خس سینه، جوش های پوستی است. هیچ راهی نیست تا بتوان از بروز آلرژی ناشی از مصرف شیر جلوگیری کرد تنها راه حل موجود، حذف موادغذایی آلرژی زا ( شیر و فرآورده های شیری همچون ماست، پنیر، کره و خامه) و جایگزین کردن مواردی مانند شیر مادر، شیر خشک های هایپوآلرژی و شیر خشک های حاوی پروتئین و سویا است.
عدم تحمل لاکتوز
عدم تحمل لاکتوز معمولا در بزرگسالی بروز می کند اگرچه برخی شیرخواران با این اختلال متولد می شوند و یا ممکن است پس از یک اسهال و استفراغ شدید که به پوشش روده آسیب وارد شده است به این اختلال دچار شوند. افرادی که این عارضه را دارند می تواند شیر سویا و یا شیرهای فاقد لاکتوز را به جای شیر گاو استفاده کنند.