فناوری تراژنی زیرمجموعه مهندسی ژنتیک است. از مهندسی ژنتیک برای جداسازی و تغییر ژن ها به منظور بهبود عملکرد آنها و نیز آماده کردن ژن ها برای جاسازی در ژنوم یک موجود و گسترش موجودات تراژن استفاده می شود. در فرایند تولید یک موجود تراژن، ابتدا ژن مورد نظر را از میان ده ها هزار ژن از ژنوم یک گونه، انتخاب و سپس جدا می کنند، آن گاه آن را به طور مناسب در ژنوم جاندار دیگری جای می دهند. یکی از کاربردهای وسوسه انگیز فناوری تراژن، استفاده از این فناوری در پزشکی به منظور درمان بیماری هاست. محققان توانسته اند نخستین واکسن های خوراکی را برای هپاتیت ب، وبا و اسهال در گیاهان تراژن تولید کنند. همچنین با این روش بیماران دارای ضایعات نخاعی و بیماری های دستگاه عصبی را درمان کنند. جانداران تراژن نشان ویژگی های جدیدی دارند که به طور معمول در افراد آن گونه یافت نمی شوند، مثلا نوعی برنج به نام برنج طلایی تولید شده است که ویتامین آ آن بیشتر است. دانشمندان توانسته اند آفتابگردان هایی مقاوم به آفت زنگ گیاهی و پنبه های مقاوم در برابر آسیب های حشرات تولید کنند. دانشمندان در یک شرکت زیست فناوری توانسته اند، ژن مربوط به پروتئین ابریشم را از عنکوبتی استخراج کنند که رشته های ابریشمی ( یکی از قوی ترین مواد انعطاف پذیر شناخته شده) می تند. آنان آن را درون ژنوم تخمک لقاح نیافته بز جای دادند. اکنون شیر بزهای تراژن بالغ، پروتئین تار ابریشم عنکبوت دارد. کاربردهای متفاوتی برای رشته ای ساخته شده از این پروتئین ذکرمی کنند؛ مثلا ساختن جلیقه های ضدگلوله سبک، قوی و در عین حال نرم و انعطاف پذیر. همچنین می توان از این رشته ها در تولید ساختارهایی قوی با قابلیت تجزیه زیستی بیشتر و نیز موارد صنعتی و پزشکی استفاده کرد. علاوه بر موارد فوق شرکت های تجاری در جست و جوی پروتئین های درمانی از نوع آنتی بادی های مونوکلونال در شیر دام های تراژن و استفاده از آنها برای تهیه دارو در درمان بیماری هایی مانند روماتید آرتریت، سرطان و بیماری های خودایمنی دیگر هستند.