بهترین شیر برای نوزاد تازه متولد شده شیر مادر است. سازمان جهانی بهداشت توصیه می کند شیرخواران حداقل چهار ماه و ترجیحا شش ماه اول زندگی فقط با شیر مادر تغذیه شوند. اما در عین حال در برخی موارد توصیه می شود مادر به نوزاد خود شیر ندهد:

- استفاده از پرتوداروها: در این موارد طبق موارد نظر پزشک، شیردهی تا دفع کامل پرتو از بدن قطع می شود.

- شیمی درمانی مادر منع مهمی برای شیردهی است.

- آبله مرغان: شیرخوار متولد شده از مادر مبتلا به آبله مرغان باید پادزهر این بیماری را در اولین فرصت دریافت کند. تماس شیرخوار با ضایعات پوستی آبله مرغان باعث ابتلای شیرخوار به آبله مرغان می شود.

- ابتلای مادر به ایدز: در کشورهایی که جایگزین مطلوبی برای شیر مادر وجود دارد توصیه می شود مادر مبتلا به ایدز از شیر دادن به فرزند خود خودداری کند.

- مادر دارای مشکلات عصبی- روانی جدی: به عنوان مثال مادر مبتلا به اختلالات هذیانی ممکن است فرزند خود را بکشد والا بهتر است مراقبت از شیرخوار بر عهده کس دیگری باشد.

- ابتلا شیرخوار به بیماری های متابولیک: در برخی بیماری های نادر مثل گالاکتوزمی، تیروزینمی، فنیل کتونوری، بیماری ادرار شربت افرا و ... شیر مادر و برخی مواد موجود در آن برای نوزاد، مثل سم بوده و تغذیه کودک با شیر مادر باعث تشنج، بیماری کبدی می شود و شیرخوار باید در دوران شیرخوارگی از شیرخشک های رژیمی مخصوص استفاده کند و پس از این سن نیز رژیم های غذایی خاصی را مراعات نماید.

- ابتلای مادر به سل: حداقل دو هفته از زمان شروع درمان مادر مبتلا به سل باید بگذرد تا وی بتواند بدون دغدغه نوزادش را با شیر خود تغذیه کند.

- ویروس تب خال: در صورت وجود ضایعات پوستی ناشی از ویروس تب خال به ویژه روی سینه های مادر، شیردهی ممنوع است.