ویروس های مقیم در حافظه همان طور که از اسم آنها بر می آید با قرار گرفتن در حافظه سیستم شروع به تکثیر و آلوده سازی می کنند به این ویروس ها ویروس های با عملکرد غیرمستقیم نیز می گویند. چرا که مستقیما دنبال فایلی برای آلوده سازی نمی گردند بلکه پس از مقیم شدن در حافظه فایلهایی را که متعاقبا در دسترس قرار گیرند آلوده می کنند همچنین بعضی از ویروس های مقیم در حافظه با عنوان آلوده کننده های سریع نیز شناخته می شوند. ویروس های مقیم در حافظه در مقایسه با ویروسهای غیرمقیم دارای سرعت تکثیر بیشتری هستند ولی در مدت زمانی طولانی ممکن است تعداد کمتری از فایل ها را آلوده کنند به این ترتیب که ویروس های غیرمقیم تنها در صورتی که اجرا شوند شروع به آلوده سازی سیستم می کنند و تا وقتی که فایل آلوده به این گونه ویروسها اجرا نشود شروع به تکثیر نمی کنند، بنابراین دارای سرعت تکثیر پایینی هستند. اما از آنجا که بعد از اجرا شدن بر اساس جستجوی فایل عمل آلوده سازی را انجام می دهند در مدت زمانی طولانی ممکن است کل فایل های کامپیوتر را آلوده کنند. در عوض ویروس های مقیم در حافظه پس از مقیم شدن به محض اینکه فایلی در دسترس قرار گیرد آن را آلوده می کنند، بنابر این دارای سرعت تکثیر بالایی هستند اما از آنجا که تنها بعضی از فایلهای اجرایی آن هم بیشتر به هنگام اجرا شدن در دسترس ویروس قرار می گیرند، لذا از این نظر در طولانی مدت ممکن است تعداد کمتری فایل راآلوده کنند. ویروس های مقیم در حافظه چون عملیات جستجوی فایل ندارند و به محض اجرا درحافظه مقیم می شوند معمولا احتمال اینکه به واسطه اجرا توسط کاربر کشف شوند بسیار کم است. در مورد ویروس های غیرمقیم هنگامی که عملیات جستجو انجام می گیرد گاه فایل اصلی با کمی تاخیر اجرا می شود یا در مورد بعضی از آنها به خاطر اینکه سطح وسیعی از دیسک سخت را جستجوو آلوده می کنند، کاربر متوجه کار کردن بی دلیل دیسک سخت می شود در حالی که از قبل این گونه نبوده است و همین مطلب احتمال کشف ویروس را زیاد می کند.