باکتری‌ها موجودات بسیار کوچکی هستند که در محیط‌های مختلف از جمله لولة گوارشی بدن ما یافت می‌شوند. این موجودات با تجزیة مواد غذایی و تولید محصولات گوناگون بر سلول‌های مختلف بدن از جمله سلول‌های ایمنی و حتی سلول‌های عصبی مغز تاثیر می‌گذارند. بر هم خوردن تعادل خانواده‌های باکتریایی در پیشروی انواع بیماری‌ها از جمله آلزایمر نقش دارد. روش‌های نوین مانند استفادة هدفمند از پروبیوتیک‌ها یکی از امکانات ما برای جلوگیری از پیشروی آلزایمر و دیگر بیماری‌ها می‌باشد. باکتری ها در سرتاسر لوله گوارش حضور دارند ولی به دلیل شرایط مناسب روده، تنوع به مراتب بیشتری در این بخش از لوله گوارش دارند؛ تا آنجا که کولون، بخشی ازروده بزرگ، با بیش از ۱۰ تریلیون باکتری بیشترین تنوع باکتریایی را به خود اختصاص می دهد. قابل ذکر است که علاوه بر باکتری ها موجودات دیگری از جمله ویروس ها، آغازیان و قارچ ها نیز در روده ساکن هستند. خانواده مختلف باکتریایی طی دوره جنینی یا حین تولد کم کم در روده ساکن می شوند و به تدریج با تغذیه از شیر مادر و پس از آن با مصرف مواد غذایی مختلف، بر تنوع این باکتری ها افزوده می شود. خانواده های مهم باکتریایی روده هر کدام بر سلامتی انسان نقش داشته و به مواد مغذی مختلفی برای رشد نیاز دارند. ۹۹ درصد از باکتری های متعلق به ۳۰ ال ۴۰ گونه هستند ولی در مجموع بیش از چند صد گونه باکتریایی در روده مسکن گزیده اند و فعالیت های بدنی، رژیم غذایی و بیماری ها بر تنوع این باکتری ها تاثیرگذارند. هر فرد تنوع به خصوصی از خانواده های باکتریایی را دارد و این اختصاصی بودن، در نحوه گوارش مواد و حتی مبارزه با عوامل خارجی ایفای نقش می کند. باکتری ها با تجزیه پلیمرهایی که آنزیم های ما قادر به اثر بر آنها نیستند، ما را در کسب انرژی یا کسب واحدهای ساختمانی (همانند آمینواسیدها) یاری می کنند. همچنین با تولید محصولات متنوع اثرات گسترده ای بر سلامتی دارند که از آن جمله می توان به تنظیم شبکه های عصبی در مغز، آموزش دادن سلول های ایمنی و دفاع از بدن در برابر حمله عوامل بیماری زا اشاره کرد.