پروتئین ها صرف این که گروه های بزرگی از ترکیبات نیتروژنی با وزن مولکولی بالا هستند پایه و اساس بیوتکنولوژی مدرن نیز می باشند چرا که آنها قادرند به صورت اختصاصی عملی نمایند که این ویژگی آنها را برای پاسخ های بیوتکنولوژی و عملکردی ایده آل ساخته است. این مواد نقشی حیاتی و مهم در فرآیندهای فیزیولوژیکی بدن دارند. هر پروتئین عملکرد کاملا دقیق و مشخصی دارد که برای تنظیم، عمل کردن و ساختاریابی بافت ها و اندام های سلولی بدن لازم و ضروری هستند. مهندسی پروتئین عملی است که به دانشمندان این امکان را می دهد تا با تغییر توالی اسیدهای آمینه و به تبع آن تغییر ساختار آنها به عملکرد بسیاری بهتری در مورد پروتئین های با ارزش و مفید به خصوص آنزیم ها با عملکرد بالا دست پیدا کنند. فرآیند مذکور متکی به استفاده از فناوری دی ان ای ترکیب برای تغییر توالی آمینواسید است. از مهندسی پروتئین برای تولید آنزیم در مقیاس بزرگ، تولید ترکیبات زیستی و ساخت آنزیم رشد برای تسریع تولید مواد شیمیایی مشخص در حجم زیاد استفاده می شود. مهندسی پروتئین در زمینه های مختلفی مانند داروسازی، کشاورزی، محیط زیست و غیره کاربرد دارد. هم اکنون روش های متفاوت مهندسی پروتئین در توسعه سریع علوم زیستی متداول است. برخی از روش های استفاده شده در مهندسی پروتئین طراحی منطقی دارند، از جمله فناوری نمایش سطح سلولی، دینایک مولکولی و فناوری جهش زایی دی ان ای. افزایش سبک زندگی بیماری زا، سازگاری با داروهای پروتئینی را نسبت به داروهای غیرپروتئینی و سرمایه گذاری را در مهندسی پروتئین افزایش و هزینه کشف دارو را کاهش داده است. بنابراین ما شاهد رشد بازار مهندسی پروتئین در سطح جهان خواهیم بود. با این وجود، نیاز به ترمیم و مراقبت زیاد و هزینه بالای ابزارآلات در مهندسی پروتئین، نیاز به محققینی آموزش دیده و شایسته را دیکته می کند. فروش بالای داروهای زیستی در آینده نزدیک و جا افتادن پروتئین درمانی به جای ژن درمانی، دو عامل مهمی هستند که انتظار می رود بازاری پر رونق و جهانی برای مهندسی پروتئین بسازند.