آکواپونیک قدمت طولانی دارد. در چین، تایلند، اندونزی و هند پرورش آبزیان در مزارع برنج مرسوم بوده است. در ایران نز پرورش توام ماهی و برنج در شالیزارها نمونه ای از همین سیستم است. از اهداف اصلی آکواپونیک این است که مواد اضافی یک سیستم به عنوان غذا یا سوخت برای سیستم دیگر عمل کند. تصفیه زیستی آب، عناصر را از آن حذف می کند، این موضوع هم از لحاظ زیست محیطی و هم از لحاظ صرفه اقتصادی حائز اهمیت است. در آکوپونیک عناصر غذایی موجود در آب محل پرورش ماهی به عنوان کود در هیدروپونیک و در بستر گیاهان مصرف می شود. این عمل برای ماهی نیز سود دارد زیرا در اثر تجزیه بقایای گیاهان و میکروارگانیسم هایی که در بستر استخر تجمع یافته اند ممکن است مواد سمی تولید شود در حالی که اگر این پساب برای گیاهان مصرف شود می تواند به عنوان کود مورد استفاده گیاه قرار گیرد. محققان هلندی نمونه کوچک و خانگی از سیستم آکواپونیک را طراحی کرده اند که امکان پرورش گیاهان و سبزیجات را با استفاده از فضولات ماهی فراهم می کند. سیستم جدید آکواپونیک که برای مصارف خانگی طراحی شده، متشکل از یک تنگ ماهی کوچک و محفظه مخصوص پرورش گیاه بر روی آن است. آب کثیف درون تنگ به داخل محفظه پرورش گیاه پمپاژ می شود. فضولات ماهی در نقش کود طبیعی عمل کرده و مواد مغذی گیاه را تامین می کند و گیاه نیز در نقش یک سیستم تصفیه طیبعی، اقدام به پاکسازی و تصفیه آب کرده و آب تمیز به داخل تنگ ماهی پمپاژ می شود. گیاهان کوچک، سبزیجات مختلف از جمله گوجه فرنگی گیلاسی، فلفل و میوه های کوچک از قابلیت کشت در این سیستم برخوردار هستند. در این سیستم مواد ماهی که عمدتا ترکیبات نیتروژن دار از قبیل آمونیاک و ترکیبات غیرنیتروژنی مثل فسفر می باشند به وسیله گیاه جذب شده و از آب حذف می شوند. تولید ماهی و گیاه در یک رابطه همزیستی انجام می شود که پساب ماهی به عنوان کود برای گیاه مورد استفاده قرار گرفته و آب تصفیه شده توس گیاه هم برای ماهی های مورد استفاده قرار می گیرد.