اساس پی سی آر بر کپی برداری از سکانس  دی ان ای یا آر ان ای نمونه مورد نظر می باشد که بر این اساس می توان بیماری های مختلفی از جمله بیماری های خونی و ژنتیکی مانند بتاتالاسمی، آنمی سیکل سل و سیستیک فیبروزیس و غیر را تشخیص داد. پی سی آر علاوه بر انسان در حیوانات نیز برای تشخیص بیماری های مختلف از جمله عفونی کاربرد دارد. در حال حاضر به کمک پی سی آر حدود ۱۰۰ میکروارگانیسم مختلــف را مــي تــوان شناســايي كــرد.
برتري PCR بر كشت:
كـشت نمونـه هـا حـداقل ۲۴ سـاعت و گاهي چندين هفته طول مي كشد تـا مثبـت شـود. اگـر بيمـار آنتي بيوتيك مصرف كرده باشد ممكن است كشت منفي شـود. حتي اگر نمونه هاي باليني با تاخير به آزمايشگاه فرستاده شـود كشت بعضي از عوامل عفوني منفي مي شود. كشت بعضي از عوامل عفوني مانند ويـروسهـا، كلاميـدياها، مايكوپلاسما و ريكتزياها به روشهاي معمولي قابل كشت نبوده و احتياج به محيط هاي كشت اختصاصي دارند.
كاربرد PCR در بيماريهاي عفوني به صورت خلاصه به شـرح زير مي باشد:
۱- شناسايي ميكروارگانيسم هايي كه بطور معمول قابـل كـشت نيستند.
۲- شناسايي ميكروارگانيسم هايي كه رشد آهسته دارند.
۳- شناسايي ميكروارگانيسم هايي كه تازه كشف شدند و هنوز روشـهاي ديگــري بـراي تــشخيص آنهــا وجـود نــدارد.
تست پی سی آر بدین صورت است که تکنسین یک سوآب پنبه ای ۱۵ سانتی متری را درون هر دو طرف بینی شما قرار داده و آن را برای حدود ۱۵ ثانیه حرکت می دهد. این حرکت درد نخواهد داشت ولی ممکن است باعث احساس ناراحتی شود. سپس، سوآب را به یک آزمایشگاه جهت آزمایش مواد داخل بینی شما می فرستند. این همان تستی است که امروزه برای تشخیص کووید ۱۹ انجام می شود. محققان بر این باورند که تست های پی سی آر همچنان بهترین روش برای شناسایی ابتلا به کرونا هستند.