استفاده از پروبیوتیک ها به عنوان میکروارگانیزم های زنده، به سده های بسیار دور بر می گردد، ولی به تازگی به نقش درمانی آنها توجه شده است. از آنجایی که سیستم گوارش، نقش بسیار مهمی در کارآیی سیستم ایمنی دارد، نمی‌توان نقش آن را در کنترل و یا درمان بیماری‌های خودایمنی نادیده گرفت. از این رو تقویت روده که بخش زیادی از عملکرد گوارش به آن وابسته است، می‌تواند در این مسیر موثر باشد. همچنین به دلیل اینکه روده علاوه ‌بر عمل هضم در سیستم ایمنی نقش مهمی ایفا می‌کند، می‌توان با متعادل نگه ‌داشتن باکتری‌های آن، تا حدودی به عملکرد صحیح سیستم ایمنی کمک کرد. در این راه، پروبیوتیک‌ها می‌توانند مفید واقع شوند. پروبیوتیک درمانی درواقع بلع میکروارگانیزمهای زنده است که اثرات سودمندی بر سلامتی دارد و در جلوگیری از رشد و تهاجم میکروبهای بیماریزا و حفظ فلور طبیعی روده و بدن موثر است. این میکروارگانیزم های زنده، اکثرا باکتری های گرم منفی، کپکها و مخمرها هستند که توانایی بالایی برای تکثیر در روده دارند. این ریزمغذی های زنده در کنار فلور طبیعی، به خوبی باعث حفظ تمامیت سیستم ایمنی بدن شده و حتی اثر باکتریهای موجود در روده میزبان را اصلاح می کنند. بنابراین پروبیوتیک ها در رده عوامل ایمونوتراپی در پیشگیری، تصحیح و تنظیم اختلالات ایمنی قرار گرفته و حتی پتانسیل لازم برای استفاده به عنوان مکمل دارویی را نیز دارند. از پروبیوتیک ها می توان اجزای دیواره مخمرها و قارچهای میکروسکوپی و خوراکی را نام برد که دارای اثرات ضدسرطانی و تعدیل کنندگی سیستم ایمنی هستند. در واقع مصرف این مکمل ها منجر به افزایش تولید آنتی بادی های حفاظتی در لوله گوارش می شود. پروبیوتیک ها از جمله لاکتوباسیلوس ها، باعث مهار رشد بسیاری از انواع سلولهای پاتولوژیک می گردند. این گروه از باکتریها باعث افزایش پاسخ ایمنی میزبان شده و همچنین اثرات پیشگیری کننده در ابتلا به سرطان و نیز مهار‌کنندگی در رشــد تومــور ســرطانی را دارند. پروبیوتیک ها در درمان واژینوز و عفونت ادراری باکتریایی نیز مؤثر می باشند. تحقیقات نشان داده است که استفاده از مصرف ماســت پروبیوتیک در مدت زمان مشــخص و مصرف فرآورده های پروبیوتیــک می تواند به عنوان یــک روش مؤثر برای بهبود هالیتوزیس(بوی بد دهان) بکار گرفته شود. پروبیوتیک ها می توانند باعث کاهش قند خون در افراد دیابتی شوند و می توانند به عنوان درمان کمکــی عمل کنند و جایگزین تزریق انسولین و داروهای دیابتی شوند تا بتوانند مشکلات تزریق انسولین، هزینه های بالای درمان و اثرات جانبی داروها را از بین ببرند. پروبیوتیک ها از جذب ســموم جلوگیری کرده و با کاهش جذب آمونیاک و ســموم ســبب کاهش التهاب و اســترس اکسیداتیو شــده، در نتیجه به درمان بیماریهای کبدی کمک و از ابتلا به بیماریهای کبدی نیز پیشــگیری می کنند. پروبیوتیک ها با توجه به مزایا و اثرات مفیدی که دارند و گستره تحقیقات انجام شده می توان از آنها به عنوان یک درمان و روش درمانی در برخی بیماریها، جایگزین مصرف داروها و پیشگیری استفاده کرد.