سلولهاي بنیادي از بافت هاي مختلفی ازقبیل بافت چربی، مغز استخوان، خون، جفت، انـدومتر، درم، مـایع آمنیوتیک، مغز دندان، تومورها، ریه و شیر انسان تهیه می شوند.
- سلولهای بنیادی بافت مغز استخوان
مغز استخوان یکی از بافت هاي متداول جهـت اخـذ سلولهاي بنیادي مزانشیمی می باشد. ویژگی مهم ایـن بافت، گریز از سیستم ایمنی و عدم تحریـک ایمنـی آن است. اگرچه مغز استخوان به عنوان منبع اصلی سلول های بنیادی در نظر گرفته می شود، تهاجمی بودن اخذ سلول از بافت، مقدار کم  کاهش توانایی تمایزی با افزایش سن ازجمله محدودیت های استفاده از آنها است.
- سلولهای بنیادی خون جفت:
جمع آوری سلول های بنیادی از خون جفت، آسان تر از مغز استخوان است. درمان زخم توسط سلول های بنیادی این بافت در مطالعات زیادی مثل جراحی به اثبات رسیده است.
- سلولهای بنیادی بافت اندومتر:
منبع دیگر برای به دست آوردن سلول های بنیادی بافت اندومتر بوده که از طریق هیسترکتومی (عمل خرج رحم) و خون قاعدگی قابل برداشت است. این سلولها توانایی بالای تقسیم در محیط های درمواجهه با اکسیژن کم داشته و در این محیط ها به رگ زایی می پردازند.
- سلولهای بنیادی تحریک شده:
به سلول هـاي بنیـادي کـه بـه صـورت مصنوعی در محیط آزمایشگاهی توسط سلول هایی مثل ســلولهــاي پیکــري، ازطریــق تحریــک فــاکتور هــاي رونویسی معین تولید می شـوند ، گفتـه مـی شـود.
- سلولهای بنیادی مشتق شده از بافت چربی:
دلایل زیـادي مبنـی بـر ایـده آلـی ایـن بافـت هـم به عنوان منبع و هم بـه عنـوان کمـک در تـرمیم زخـم وجود دارد. توانایی تمایز در چند رده سلولی، توانایی توقف سلولهای ایمنی فعال شده، مهاجرت به محل آسیب و توانایی تمایز در چند رده سلولی، توانایی توقف سلولهای ایمنی فعال شده، مهاجرت به محل آسیب و توانایی بازسازی شرایط فیزیولوژیکی بدن به بعد از تزریق به محیط آسیب دیده از ویژگی های مهم سلولهای مزانشیمی بافت چربی می باشد. برخلاف سلولهای بنیادی مغز استخوان این سلولها می توانند در مقادیر بیشتری و با خطر کمتری به دست آیند.
- سلولهای بنیادی دندان:
پالپ دندان منبع دسترسی آسانی برای سلولهای بنیادی انسانی را فراهم می آورد. سلولهای بنیادی حاصل از ترمیم دندان باعث ترمیم زخم شده و توانایی بازسازی خود و تبدیل شدن به دیگر سلولهای بنیادی را دارد.