در شرایط بیماري هاي همـه گیـر، انجـام آزمایـشات تشخیصی نقش مهمـی در تعیـین وضـعیت بیمـاري و برنامــه ریــزي هــاي جــامع بــراي ســلامت جامعــه دارد. آزمایشات مختلفی در حال حاضر انجام مـی شـوند کـه هرکدام حساسیت، اختصاصی بودن و کاربردهاي خود را دارند. هدف نهایی از انجام آزمایشات را می تـوان بـه دو دسته تقسیم کرد؛ اول تشخیص مبتلایان و دوم ارزیابی وضعیت شیوع بیماري در جامعه هدف دوم به تک تـک افراد کار ندارد اما براي برنامه ریزي جهت جلـوگیري از انتــشار بیمــاري در کنــار هــدف اول، ضــروري اســت. تست هاي سرولوژي تماس قبلی افراد را نشان می دهند و بررسی فاضلاب ها به عنوان یکی از ابزار وضعیت شیوع بیماری امروزه مورد توجه قرار گرفته است. در روش کنونی تشخیص کووید ۱۹ نمونه ها از نازوفارنکس تهیه می شوند. این روش غیرتهاجمی است اما نیاز به پرسنل آزموده دارد و دستگاه های مربوطه در همه جا در دسترس نیست. اخیرا استفاده از بزاق بیمار به عنوان روش جایگزین مطرح شده است. در روش دوم بیماران بزاق خود را در یک ظرف ریخته و آزمایش روی آن انجام می شود که برای بیماران راحت تر است. همچنین در مناطقی که از مراکز مجهز دور هستند نیز قابل انجام است. واریانت های جدید ناشی از موتاسیون ویروس در انگلستان یا آفریقا، هر چند شیوع کمی در حال حاضر دارند اما با توجه به سرعت انتشار، ضرورت اقدامات پیشگیرانه و تشخیصی کارآمد و سریع را مطرح می کند. با کمک WHO در ترکیه گروهی تشخیصی ۴۰ دقیقه ای را براساس پی سی آر طراحی نموده اند. با این روش دو موتاسیون شایع تر را می توانند تشخیص دهند.
دستگاه گوارش یکی از بخش هایی است که طی بیماری درگیر می شود و در تولید و ترکیب پسماندها نقش دارد. گزارش شده که انتروسیت های آلوده به ویروس که از دستگاه گوارش دفع شده اند در مدفوع قابل شناسایی هستند. نکته مهم اینکه این انتروسیت ها هم در بیماران دیده شده و هم در ناقلین بدون علامت و حتی پس از بهبود بیماری ریوی. به این دلیل به نظر می رسد بررسی مواد دفعی یکی از راه های رصد شیوع بیماری باشد. در ژاپن با بررسی نمونه های متعدد دریافتند که آزمایش قسمت مایع روی نمونه که پس از سانتریفیوژ نمودن به دست می آید و طبق روند رایج آزمایشگاهی مورد بررسی قرار می گیرد، ویروس کمتری در مقایسه با بخش جامد ته نشین دارد. توصیه محققان بررسی هر دو قسمت جامد و مایع در هر منطقه برای بررسی وضعی ویروس می باشد.