روش های مقابله با تروجان شامل دو رویکرد پیشگیری از درج تروجان و یافتن آن بعد از ساخت تراشه می باشد. روش های پیشگیری شامل مبهم کردن، و تغییر مدار اصلی تراشه به منظور ایجاد یک طرح امن، کمک به یک روش تشخیص تروجان و یا ایجاد زنجیره تولید قابل اعتماد است. یک روش مبهم کردن و تغییر مدار اصلی تراشه به منظور ایجاد یک طرح امن، کمک به یک روش تشخیص تروجان و یا ایجاد زنجیره تولید قابل اعتماد است. یک روش مبهم کردن بر اساس افزایش تعداد حالت های قابل دستیابی مدار اصلی است. این حالت ها به دو بخش فضای حالت اصلی و فضای حالت ایزوله تقسیم می شوند. ورود به فضای حالت اصلی با استفاده از یک الگوی ورودی خاص ( به عنوان مثال کلید مخفی) حاصل می شود. با هر الگوی ورودی اشتباه، تراشه در فضای حالت ایزوله قرار می گیرد. این فضای حالت ایزوله به گونه ای طراحی شده است که پس از ورود نمی تواند از آن خارج شد و خروجی ها هر گز درست نمی شوند. نمونه ای از کاهش حملات تروجان های سخت افزاری در پردازنده های نهفته با استفاده از یک مبهم کننده مبتنی بر سخت افزار است. برای فعال کردن ترجان از طریق نرم افزار، مهاجم باید بتواند یک دنباله دقیق از رویدادهای قابل شناسایی توسط بخش ماشه تروجان مانند مقادیر خاص سیگنال، ترتیب داده و دستورالعمل یا حالت پردازنده را ایجاد کند. این کار نیازمند اجرای کد بر روی سخت افزار است. این کد به طور خاص برای تولید این رویدادها طراحی شده است. همچنین می توان تروجان ها را با استفاده از روش های غیرمخرب در زمان اجرای برنامه بر روی تراشه شناسایی کرد.