از جمله ابزارهایی که در چرخه امن سازی برنامه های کاربردی وب تاثیرگذارند، پویشگرهای برنامه های کاربردی وب هستند که در مراحل تست قبل از تحویل برنامه یا آزمون های بعد از اعمال تغییرات، از آنها استفاده می شود. این پویشگرها ابزارهای اتوماتیکی هستند که برنامه های کاربردی وب را با هدف کشف آسیب پذیری های عمومی نظیر تزریق اسکریپت های مخرب،  تزریق دستورات SQL، پیمایش دایرکتوری ها، تنظیمات غیرامن و اجرای دستورات از راه دور مورد آزمون قرار می دهند. این ابزارها توسط دو دسته از افراد استفاده می شوند. دسته اول، متخصصان امنیت برنامه های وب هستند که برای کشف آسیب پذیری ها و اصلاح آنها از این ابزارها استفاده می کنند و دسته دوم نفوذگرانی هستند که به منظور سوء استفاده، از این ابزارها برای کشف آسیب پذیری ها بهره می برند. پویشگرها به دو دسته تجاری و متن باز تقسیم می شوند و استفاده از آنها بخش مهمی از ارزیابی امنیتی برنامه های کاربردی وب را تشکیل می دهد. همچنین به عنوان تکمیل کننده بخشی از استاندارهای امنیتی، از استاندارد امنیتی داده صنایع کارت های پرداخت الکترونیکی، مورد استفاده قرار می گیرند. پویشگرهای برنامه های کاربردی وب فقط آسیپ پذیری هایی را شناسایی می کنند که قبلا با نشانه های آن آشنا شده و روش کشف آن را آموزش دیده باشند. در غیر این صورت قادر به شناسایی آسیب پذیری نیستند، از طرف دیگر این ابزارها به فناوری ساخت برنامه های وب وابسته نیستند و آنها را با وجود انواع فناوری توسعه مورد ارزیابی قرار می دهند.