به دلیل گستردگی شبکه های بات نت و استفاده از فناوری و فن های متفاوت، ارائه يک راه حل جامع و کلی برای کشف شبکه های بات نت کار بسیار دشواری است. روشهای کشف بات نت به دو دسته کلی تقسیم می شوند، دسته اول بر اساس پروژه هانی نت هست. دسته دوم، روش کشف بات نت بر اساس بررسی و تحلیل ترافیک غیرفعال شبکه است که خود به چهار دسته تقسیم می گردد:
۱- دستگاه های کشف مبتنی بر امضا: فن های تشخیص مبتنی بر امضا را می توان برای تشخیص بات نت های شناخته شده استفاده نمود؛ بنابراين، اين راه حل برای بات نت های ناشناخته و جديد کارايی ندارد.
۲- دستگاه های مبتنی بر رفتارهای غیرعادی: فن های مبتنی بر تشخیص رفتار غیرعادی سعی دارند بات نت های مبتنی بر ناهنجاری های متعدد ترافیک شبکه را کشف کنند، مانند بالا بودن تأخیر شبکه، حجم بالای ترافیک، ترافیک در پورت های غیرمعمول و رفتار غیرعادی سیستم که می تواند نشان دهنده باتهای مخرب در شبکه باشد.
۳- دستگاه های مبتنی بر داده کاوی: چندين فن داده کاوی ازجمله يادگیری ماشین، طبقه بندی و دسته بندی را می توان به طور موثر برای شناسايی ترافیک فرماندهی و کنترل بات نت مورد استفاده قرار داد. بسیاری از بات نت های امروزی از فن هايی استفاده می کنند تا از روشهای تشخیص سنتی بگريزند.
۴- دستگاه های مبتنی بر دی ان اسِِِِِDNSِ: فن های تشخیص مبتنی بر DNS شبیه به الگوریتم های فن تشخیص مبتنی بر رفتار غیرعادی هستند که بر روی ترافیک DNS عمل می کنند. بات ها به طور معمول برای ارتباط با سرور فرماندهی  کنترل اقدام می کنند تا دستورات را دریافت نمایند. به منظور دسترسی به سرور فرماندهی و کنترل بات ها از DNS پرس و جو می نمایند تا سرور فرماندهی و کنترل مربوطه تعیین محل شود که به طور معمول توسط ارائه دهنده DDNS میزبانی می شود؛ بنابراین، تشخیص ترافیک DNS بات نت توسط نظارت بر DNS و تشخیص ناهنجاری ترافیک DNS امکان پذیر است.