مدیر بات از معماری های مختلفی استفاده می کند بر این مبنا بات نت ها دارای سه معماری عمده شامل مدل متمرکز، غیرمتمرکز و ترکیبی هستند که در ادامه به آنها می پردازیم:
- معماری متمرکز: در معماری متمرکز فرمان و کنترل، یک یا چند سرویس دهنده وظیفه مدیریت ارتباطات را برعهده دارند در واقع مشخصه اصلی این معماری وجود یک یا چند نقطه مرکزی برای مدیریت ارتباطات است. مدیر بات یک میزبان را برای ارسال فرمان ها و کنترل بات ها در نظر می گیرد. این میزبان می تواند یکی از کامپیوترهای آسیب پذیر و اشغال شده توسط مدیر بات باشد و یا یک سرویس دهنده قانونی که خدمات مربوط به سرویس دهی اینترنتی را انجام می دهد. زمانی که بات به کد دودویی آلوده شد اقدام به برقراری ارتباط با سرویس دهنده کرده و منتظر دریافت فرامین و تنظیمات مورد نظر مدیر بات می ماند. مزیت این معماری امکان پیاده سازی سریع و مدیریت آسان بات ها و بات نت است و نقطه ضعف عمده آن این است که با حذف سرویس دهنده فرمان و کنترل کل بات نت از بین خواهد رفت.
- معماری غیرمتمرکز: در معماری غیرمتمرکز فرمان- کنترل مدیر بات فرامین و تنظیمات را از چند نقطه بصورت غیرمتمرکز به بات ها ارسال می کند. ارتباطات بات ها و اعلام زنده بودن آنها نیز از طریق یک سرویس دهنده صورت نمی گیرد. بات ها تحت یک توپولوژی تصادفی و غیرمتمرکز فرمان و کنترل اقدام به برقراری ارتباطات خود می کنند. در این معماری هر بات می تواند به عنوان سرویس دهنده فرمان و کنترل نیز عمل کند. بنابراین دستورات از طریق یک بات به بات دیگر نیز منتقل می شود در این دستورات معمولا به بات گفته می شود که دستورات را میان عامل های دیگر گسترش دهد. پیاده سازی این ساختار و مدیریت آن پیچیده تر از مدل متمرکز است اما مشکل نقطه یگانه شکست توپولوژی متمرکز در این روش حل شده است و با شناسایی و حذف یک سرویس دهنده فرمان و کنترل، کل بات نت از بین نمی رود.
- مدل ترکیبی: همان گونه که شرح داده شد هر یک از معماری های متمرکز و غیرمتمرکز فرمان و کنترل با توجه به ساختار خود، مزایا و معایبی را به همراه داشتند. هدف از ایجاد معماری ترکیبی فرمان و کنترل بهره گیری از مزایا و کاهش دادن نقاط ضعف دو توپولوژی قبلی بصورت همزمان بوده است. این رویکرد ترکیبی از دو ساختار متمرکز و غیرمتمرکز بوده است.