همانطورکه در فناوریهای نوظهور چالش هايی بر سر راه آنها وجود دارد هدوپ هم از اين قضیه مبرّا نیست و چالش های خاص خود را دارد. که در ادامه به تشریح چند مورد از آنها خواهیم پرداخت:
- هدوپ و چالش پردازش های بلادرنگ
 در حوزه پردازش داده های عظیم، دو نوع پردازش داریم: ۱- پردازش بلادرنگ یا همان پردازش جریانی: در این نوع پردازش اطلاعات دریافتی به دلیل درخواست های بلادرنگ به مرور زمان ارزش خود را از دست می دهند. بنابراین، باید بلافاصله بعد از دریافت مثلا داده های دریافتی از ناسا، مورد پردازش قرار گیرند. ۲-- پردازش انبوه: در این نوع پردازش اطلاعات دریافتی به صورت کامل ذخیره سازی شده و بعدا به صورت آفلاین یا آنلاین مورد پردازش قرار می گیرند. مثل داده های نمرات دانشجویان دانشگاه یا اطلاعات یارانه ای افراد.در حوزه فناوری های اصلی کلان داده برای پردازش داده های عظیم فناوری هایی مانند روش توزیع (مپ)، تجمیع (ردیوس) و جدیدا اسپارک برای پردازش انبوه داده ها طراحی شده اند.  هدوپ به کار رفته در مپ ردیوس تا زمانی که تمامی داده های ورودی مپ نشوند نمی تواند به مرحله ردیوس برود. دلیلش هم واضح است چون ردیوس برای انجام مراحل خود نیاز به تمام اطلاعات ورودی که مپ شدند دارد. بنابراین برای بلادرنگ مناسب نیست.
-هدوپ و چالش پردازش بلوک های داده کوچک
هرگاه اندازه فایل تکه تکه شده آن قدری بزرگ نباشد که بتوان آن را در سرورهای مختلف ذخیره کرد و یا حتی گاهی اوقات اندازه فایل آن قدر کوچک است که فایل ذخیره شده فقط به یک تکه تقسیم شود و در درون یک سرور ذخیره سازی شود دراین حالت اگر فایل کوچک ذخیره شده توسط کاربران زیادی مورد دستیابی قرار گیرد این کار باعث می شود همه کاربران فقط به یک سرور به جای چندین سرور مراجعه کنند و به نوعی در سیستم گلوگاه ایجاد می شود و کارایی سیستم پایین می آید. علاوه بر این اگر تعداد فایل های کوچک زیاد باشد درگیری سرور مستر زیادتر شده و امکان بن بست در سیستم وجود دارد.
-هدوپ و چالش عملکرد ضعیف در مراجعات بعدی
در هدوپ متاسفانه هیچ سیستم کشی مدنظرگرفته نشده است که این امر ممکن اس به دلایل امنیتی باشد، با این حال هرگاه سرویس گیرنده ای تقاضای یک فایل را داشته باشد آدرس فایل مورد نظر را به گره نام می دهد و گره نام فایل مورد نظر را در میان کلاسترهای متفاوت جمع آوری کرده و آن را تحویل سرویس گیرنده خواهد کرد، حال اگر چند دقیقه بعد سرویس دهنده دیگری تقاضای همان فایل را بکند باید به همان اندازه که سرویس اول منتظر ماند، صبر کند تا فایل مورد نظر را واکشی نماید. پس هنوز هدوپ هیچ مکانیزمی برای دسترسی سریع تر سرویس گیرنده به فایل اخیراً استفاده شده ندارد.