یافته های جدید نشان می دهند که علاوه بر سموم و آلوده کننده ها (موادی مانند پلاستیک ها و ارسنیک) میکروب های محیطی و گوارشی هم ممکن است نقش قابل توجهی در بروز بیماری های پیچیده روان پزشکی داشته باشند. در حالیکه هزاران گونه میکروبی، قارچی و ویروسی در سطح و داخل بدن ما زندگی می کنند و تعداد جمعی آنها ۱۰ برابر سلول های ما و تعداد مجموع ژن های آنها ۱۰۰ برابر ژن های ماست. مطالعه های جدید نشان داده که مجموعه میکروب های گوارش (میکروبیوم گوارشی) نقش بسیار مهمی در وضعیت متابولیسم و  اپی ژنتیک انسان دارد. این موضوع با کشف رابطه بین میکروب های مسلط دستگاه گوارش و چگونگی متیلوم دنای خونی ( که با کمک تکنولوژی توالی یابی عمقی صورت گرفته اند) مورد حمایت بیشتری قرار گرفته است. جالب توجه اینکه، درحالیکه رژیم غذایی میکروبیوم گوارشی را مورد تأثیر قرار می دهد، یک رژیم پرچربی سبب افزایش تبدیل کولین (یک منبع بزرگ گروه متیل که در غذاهایی مانند اسفناج فراوان است) به متیلامین توسط میکروب های گوارشی می شود که به کمبود گروه های ضروری متیل برای واکنش های متیلاسیون منجر می شود. بنابراین، برقراری توازن میکروبی دستگاه گوارش با پروبیوتیکها یا یک رژیم غذایی مناسب ممکن است به پیشگیری یا بازآرایی اختلال های اپی ژنتیک ( مانند ژن های پیش التهابی در اسکیزوفرنیا یا اوتیسم) و سندرم های متابولیک همراه با آن در اختلال های روان پزشکی کمک کنند. نکته قابل ذکر اینکه مطالعه های مبتنی بر پی سی آر مشخص کرده که دستگاه گوارش نوزادان در بدو تولد استریل نبوده و میکروبیوم گوارشی مادر در دوران حاملگی از طریق گردش خون به دستگاه گوارش جنینی رسیده و در آنجا لانه گزینی می کند. بنابراین تأثیر مستقیم آنها پیش از تولد آغاز شده و چه بسا بخشی از هم ابتلایی دو قلوهای یک تخمکی به بیماری های روان پزشکی به دلیل همین میکروبیوم مشترک (نه فقط ژنتیک مشترک) باشد.