ژن درمانی امروزه جهت درمان افراد با سلول های خاص نظیر سلول های مغز استخوان و سلول های خونی صورت می گیرد و این درمان به نسل بعدی منتقل نمی گردد. هر چند نوع خاصی از ژن درمانی ممکن است بر روی سلول های جنسی (اسپرم و تخمک ) متمرکز باشد که این خود سبب انتقال اطلاعات تغییر یافته به نسل بعد می گردد. در خصوص این بحث اختلاف نظرهایی وجود دارد. با وجود اینکه بدین ترتیب ممکن است نسل یک فرد از یک بیماری ژنتیکی خاص در امان باشند ولی ممکن است این کار از جنبه های دیگری بر رشد و تکامل جنین تاثیر بگذارد و یا حتی سبب ایجاد عوارضی بر جنین گردد که هنوز ناشناخته مانده است.
توانایی انسان برای دخالت در امور زیستی و از جمله ژن درمانی سلول جنسی تاکنون مناظره قابل ملاحظه ای را درباره حدود مجازی که انسان می تواند در مسیر تغییر ارگانیسم ها و در اکوسیستم های مختلف مداخله کند، ایجاد کرده است. این پرسش ها ابعاد اخلاقی، اجتماعی، قانونی و علمی دارند. متاسفانه این معضل به ویژه در استفاده از ژن درمانی و بسیاری از روش ها و فنون مربوط به مهندسی ژنتیک در انسان ها به چشم می خورد به طوری که بسیاری از محققین از کاربردهای نادرست آن، در سال های آتی در هراسند. به دلایل بی شمار، لازم است ژن درمانی تنها برای مقاصد دیگر که ریشه در بلند پروازی های غیرمسئولانه و جاه طلبانه دارد، اصلی ترین هدف خدمت به انسان باشد. بسیاری از صاحب نظران امر که با درک مسئولیت خطیر انسانی خود، به پژوهش های ژن درمانی مشغول هستند، به دلایل بسیار روشن، به درستی بر چنین نگرشی تاکید دارند. بیشترین ملاحظات اخلاقی پیرامون ژن درمانی، روی سلول جنسی متمرکز است، زیرا برخلاف ژن درمانی سلول سوماتیک که روی نسل های بعدی اثر نمی گذارد، ژن درمانی روی سلول جنسی می تواند نسل های آینده را متاثر کند. بنابراین با روش ژن درمانی که دارای توانایی بالقوه تاثیر بر ساختار ژنتیکی نسل های آینده در یک جمعیت است که می تواند در گنجینه وراثتی آنها تغییراتی ناخواسته را سبب شود، باید بسیار حساس برخورد کرد.